隨著人們各大行業發展的不斷進步，我們面臨的是水質污染的問題。這么一來水環境監測已經成為了我們的“必修課”。現如今的水環境監測還存在什么問題呢？本章小編來和大家一起了解這個問題。可從以下三個方面來說：
1.職能交叉造成權責不明確
在我國的水環境監測工作發展中，不同的水體都是分別監管的，主要可以分為：飲用水、污水、廢水、地表水、地上水等等，另外對于監管部門也不是單一的。這就可能會造成職能交叉管理，一旦沒有安排好久會造成重復執行或是混亂的監測線路等情況。
在我國的水環境監測工作的發展過程中，按照不同的水體，分別進行監管，大體可以分為飲用水、污水和廢水、地表水、地下水等，其對應的監管部門分別是城市建設、國土資源、環保部門、水利部門。以地下水一項為例，就有三個涉及的部門。很多的職能交叉是水環境監測管理工作中存在的重要問題，這就導致諸多部門的分工不明確，重疊的管理職能，造成了管理資源的浪費，以及混亂的監測線路和重復執行的監理工作。但是各個監管部門又是相互獨立的，重復的勞動，使得資源的利用率得不到很大的提高。
2.指標選取不合理，做不到與時俱進
就目前情況來看，各大水系和城市很溜的污染已經從無機物污染轉變成了有機物污染。但是實際工作，水質檢察指標里有機物一項是綜合性的項目，并不是有效具體的控制指標，對有機污染的嚴重程度，只在水質在線監測工程中并不能好的、及時的掌握，還阻礙了水質環境總量控制的目標實現。
3.監測分析技術方案不合適配現行的水環境質量標準
已經有多個項目記錄了污染物的現行水環境質量標準和污水排放標準和當前現有的標準分析并不適配，而且沒有形成好的水質分析方法。對于一些已經頒布的標準貫徹實施造成了不小的障礙，每一個檢測項目尚缺少與之對應的最低要求的標準分析方法。